Dans le domaine de l'amélioration génétique, l'introduction de la génomique dans les méthodes de sélection animale représente le saut technologique le plus important depuis plus de 40 ans. La sélection génomique permet de prédire le potentiel génétique d'un animal grâce à la lecture de son ADN. Il devient ainsi possible d'évaluer un reproducteur dès son plus jeune âge, sans attendre que sa descendance ait commencé à produire, raccourcissant considérablement les cycles de sélection.

"Il fallait compter entre 7 et 10 ans avant d'avoir des données" rappelle Ludovic Miltgen, responsable de la communication de Gènes Diffusion. Aujourd'hui, pour la plupart des races bovines laitières, la sélection est désormais basée sur des informations génomiques.

"Ce sont les races laitières qui ont le poids économique le plus important, ce sont donc elles qui ont bénéficié les premières des efforts de recherche des sélectionneurs", précise Ludovic Miltgen. Les races à viande, les ovins et les caprins vont à leur tour bénéficier des acquis des avancées génétiques.

Une sélection beaucoup plus rapide

Plus de 200 éleveurs, sélectionneurs européens et 250 bovins sont présents au Simagena, en marge du Salon de l'agriculture. Il faut savoir que 2,5 millions de doses de semence bovine françaises sont commercialisées dans le monde chaque année. L'élevage français offre une large palette génétique avec aussi bien des races hautes productrices que des races bien adaptées aux conditions fourragères et climatiques difficiles. Ce qui explique que sa génétique s'exporte aussi bien. De plus, la très grande taille de ses populations de référence assure une fiabilité des index génomiques. 4 700 bovins ont été génotypés dans le cadre du projet GeMBAL porté entre autres par l'Inra, visant à étendre la sélection génomique aux 18 races bovines laitières et allaitantes en France.

Choisir les qualités des animaux et de leur production

Actuellement, plus de 50 % des inséminations artificielles réalisées dans les élevages français des principales races laitières proviennent de taureaux issus de la sélection génomique. Le progrès génétique est manifeste : les générations les plus jeunes montrent des avantages importants en fertilité, résistance aux mammites et longévité.

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Il est possible d'avoir des vaches sans cornes pour un meilleur confort de travail. Les éleveurs font de plus en plus confiance au génotypage de leurs femelles pour réaliser leurs choix de renouvellement du troupeau, l'adaptant à leurs attentes. "Gènes Diffusion propose depuis 2014, pour tous les taureaux de race Holstein, le nouvel index ''santé du pied'', qui caractérise les taureaux sur la résistance aux lésions et la robustesse du pied. Un critère qui n'était pas accessible auparavant avec les méthodes de sélection classiques", précise Ludovic Miltgen.

"Nous avons aussi initié un travail depuis 2009, qui nous a permis de proposer un index de 10 caractères de production, de morphologie et de comportement pour la race Charolaise en 2014, et en 2016 grâce au traitement des données nous avons pu ajouter 11 nouvelles évaluations génomiques supplémentaires."

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L'un des enjeux de la génomique est aussi d'étendre le choix à de nouveaux critères qui n'étaient pas pris en compte dans les programmes de sélection classiques : composants fins du lait ayant des effets positifs ou négatifs sur la santé humaine (acides gras...), qualité de la viande (tendreté, persillé...). Des programmes visent ainsi à élaborer des prédictions sur des caractères spécifiques. C'est le cas de Phénofinlait pour l'analyse de la composition fine du lait de 20 000 vaches, chèvres et brebis génotypées, ou encore de Qualvigène pour l'analyse de la qualité de viande de plus de 3 000 jeunes bovins génotypés.

Multiplier les données pour augmenter la fiabilité de la sélection

"Intégrer la sélection génomique dans les programmes de sélection sur un grand nombre d'espèces ou de races permet d'offrir une diversité élargie", espèrent ses promoteurs. Travailler sur plus d'espèces et sur un plus grand nombre d'individus permettra d'affiner la résistance aux maladies, l'efficience de l'utilisation des ressources, l'adaptation au changement climatique, de la résilience dans des environnements fluctuants, etc.

Les chercheurs continuent d'accroître la fiabilité et la qualité des index, notamment par l'amélioration des outils, comme le développement de logiciels de traitement de données de séquençage à haut débit. "Les données appartiennent aux éleveurs, qui signent ou pas des conventions de mises à disposition des données de leurs élevages avec leur sélectionneur" précise Ludovic Miltgen.

Reste que la valeur créée par l'exploitation des données génétiques animale pose question. La collecte des données, leur valorisation et le partage de la valeur au profit des agriculteurs sont un enjeu d'actualité. Au Simagena personne ne doute que la sélection génomique soit un levier essentiel pour accroître la performance économique et environnementale des fermes.