Médecine génomique : le projet révolutionnaire Auragen sélectionné

Le projet porté par plusieurs établissements hospitaliers d'Auvergne-Rhône-Alpes a été retenu dans le plan France médecine génomique 2025. Une plateforme visera à entrer dans l'ère de la médecine génomique pour la prise en charge diagnostique de cancers pour lesquels de nouvelles stratégies thérapeutiques peuvent être proposées tout comme pour les maladies rares. Les structures pourraient capter environ 30 millions d'euros de financement.

Le Plan France médecine génomique 2025 prévoit le déploiement de douze plateformes de séquençage à haut débit sur le territoire, un véritable enjeu de santé publique pour des traitements plus personnalisés. Parmi les dix candidatures ayant répondu à l'appel à projets lancé en décembre 2016 par le précédent gouvernement, deux ont été retenues et joueront les pilotes. Il s'agit du projet parisien Seqoia et du projet Auragen fédérant 14 partenaires santé de la région Auvergne-Rhône-Alpes, comme l'a annoncé le premier ministre Edouard Philippe, en début de semaine.

"Plusieurs éléments ont joué en notre faveur", avise le Pr Jean-Yves Blay, directeur général du centre anticancéreux Léon Bérard à Lyon, interrogé par Acteurs de l'économie - La Tribune.

Responsable scientifique d'Auragen, il met en avant "la convergence des différents établissements, expression d'un portage œcuménique où tout le monde trouve sa place".

Une crédibilité de terrain

Jean-Yves Blay évoque, par ailleurs, la crédibilité de terrain apportée par l'étude clinique ProfiLER soutenue par l'Institut National du cancer et que le centre Léon Bérard a présentée lors du 53ème congrès l'Asco à Chicago, en juin dernier. En quatre ans ce programme de screening moléculaire a établi le profil tumoral de près de 2 500 patients à partir d'échantillons sanguins et de tumeurs. Avec Auragen "nous changeons complètement de dimension avec 100 fois plus de gènes analysés", s'émerveille le dg du centre Léon Bérard. L'objectif vise 18 000 équivalents génomes* par an, en 2019 : la moitié pour identifier les causes de cancers pour lesquels de nouvelles stratégies thérapeutiques peuvent être proposées et l'autre moitié concerne les maladies rares.

HCL, Eurofins-Biomnis

Auragen est porté par un consortium composé d'un groupement de coopération sanitaire (GCS) composé de sept institutions**. La plateforme sera équipée d'une machine de séquençage génétique (Illumina), cinq fois supérieure à celle utilisée par le SIRIC (site intégré de recherche sur le cancer) de Lyon. Elle sera située dans un bâtiment rénové au sein de l'hôpital Edouard Herriot de Lyon et il sera procédé à des embauches. Le Pr Damien Sanlaville (généticien et chef de service au CHU de Lyon ) assurera le pilotage de la plateforme placée sous la direction opérationnelle des HCL (Hospices Civils de Lyon) et du groupe privé Eurofins-Biomnis, expert en biologie médicale spécialisée et dont l'origine remonte à 1897 date de sa fondation à Lyon par Marcel Mérieux.

Centre de calcul

Le process ? Les analyses biologiques seront présentées par les médecins des différents hôpitaux. Les séquençages, décidés après des discussions collégiales, seront effectués par la plateforme et les données produites transmises au centre de calcul haute performance Auragen, coordonné par le CHU Grenoble-Alpes. Le plan prévoit la mise en place d'un centre national d'analyse des données et d'un centre d'expertise et de veille technologique pour harmoniser le fonctionnement du système et son évaluation à l'échelle du pays.

Entre 25 et 30 millions d'euros

Le plan conçu et placé sous la responsabilité de l'Alliance Aviesan présidé par le Pr Yves Lévy (PDG de l'Inserm) doit bénéficier de 400 millions d'euros de l'Etat sur cinq ans, a précisé le Premier ministre. Quelle enveloppe reviendra à la plateforme Auragen ?

"Nous n'avons pas de chiffres officiels. On peut raisonnablement anticiper un montant de l'ordre de 25 à 30 millions sur la période", confie Jean-Yves Blay. "C'est assez inférieur à nos estimations. Nous étions sur une base de 15 millions par an. Néanmoins nous sommes extrêmement heureux d'avoir été sélectionnés".

Celui-ci n'exclut pas de trouver d'autres sources de financements comme cela fut le cas pour ProfiLER.

Priorités dans les indications, au départ.

En attendant, les premières réunions de travail au sein d'Auragen ont déjà commencé pour que la plateforme soit opérationnelle à la fin du 1er semestre 2018.

"Nous serons obligés de sélectionner au départ des indications prioritaires : les enfants et adultes jeunes pour les cas de cancers et les déficits mentaux", souligne Jean-Yves Blay.

Le recrutement des patients sera national tant que les 10 autres plateformes n'auront pas être constituées.


*Les partenaires du consortium : les 4 CHU d'Auvergne-Rhône-Alpes (Clermont-Ferrant, Grenoble-Alpes, HCL, Saint-Etienne), les deux centres de lutte contre le cancer (Jean Perrin à Clermont-Ferrand et Léon Bérard à Lyon) et l'Institut de cancérologie de la Loire Lucien Neuwirth.
** Le premier décryptage complet du génome (ensemble du matériel génétique d'un organisme) a été réalisé en 2003 au terme de 10 ans de travail.

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